Nature Methods 2021年12月文章目录
Resources
1.标题：用于探索遗传和药物扰动的3D结构SARS-CoV-2-人类相互作用组
简介：这种三维结构的SARS-CoV-2-人类相互作用组web server允许对 SARS-CoV-2 病理学和宿主反应的机制进行假设驱动的探索。
作者：Shayne D. Wierbowski, Siqi Liang...Haiyuan Yu
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41592-021-01318-w
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Brief Communications
1.标题：Micro-Meta App：一种基于comminity规范收集显微镜元数据的交互式工具
简介：Micro-Meta App 是一种直观、高度可互操作的开源软件工具，旨在促进最近community指南指定的相关显微镜元数据的提取和收集。
作者：Alessandro Rigano, Shannon Ehmsen...Caterina Strambio-De-Castillia
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41592-021-01315-z
2.标题：OME-NGFF：用于扩展生物成像数据访问策略的下一代文件格式
简介：OME的下一代文件格式 (OME-NGFF) 为 OME-TIFF 和 HDF5 提供了云原生补充，用于大规模存储和访问生物成像数据，并致力于实现可查找、可访问、可互操作和可重复使用的生物成像数据的目标。
作者：Josh Moore, Chris Allan...Jason R. Swedlow
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41592-021-01326-w
Articles
1.标题：细菌基因调控的持久性和可塑性
简介：介绍了生物素-DNA 亲和纯化 (DAP) 测序，即一种用于分析转录因子 (TF) DNA 结合的体外无克隆工作流程，以及用于同时表征多个细菌基因组中TF DNA 结合的multiDAP。
作者：Leo A. Baumgart，Ji Eun Lee...Ronan C. O’Malley
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2.标题：绘制单细胞水平细胞系统发育图揭示器官发育过程中的细胞群体动态
简介：SMALT 是一种碱基编辑谱系追踪方法，可在单细胞水平进行全器官发育分析。
作者：Kehui Liu, Shanjun Deng...Xionglei He
3.标题：使用pGlyco3对完整糖肽和修饰多糖进行精确、快速和全面的分析
简介：pGlyco3是一种多糖优先的糖肽搜索引擎，用于识别和定位位点特异性N-和O-糖肽，包括带有修饰多糖的糖肽。
作者：Wen-Feng Zeng, Wei-Qian Cao...Peng-Yuan Yang
4.标题：光谱熵在小分子化合物鉴定方面优于MS/MS点积相似性
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5.标题：使用分级相衬层析成像技术对具有细胞结构局部分辨率的完整人体器官进行成像
简介：分级相衬层析成像(HiP-CT) 能够对完整人体器官内的任何区域进行多尺度成像，直至细胞分辨率。五种器官类型的HiP-CT揭示了健康和患病组织的3D形态特征。
作者：C. L. Walsh，P. Tafforeau...P. D. Lee
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41592-021-01317-x
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6.标题：使用改造黄热病疫苗YFV-17D进行顺行跨神经元追踪和遗传控制
简介：使用黄热病疫苗YFV-17D的改造变体可以实现顺行跨神经元追踪。单突触和多突触追踪都在小鼠大脑的不同回路中得到证实。
作者：Elizabeth Li, Jun Guo...Wei Xu
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